Gerçin Höyük Gaziantep ili Nurdağı ve İslahiye ilçe sınırları içerisinde yer almaktadır. İslahiye ilçe merkezine yaklaşık 20 km, Nurdağı ilçe merkezine 4 km, Gaziantep Kent merkezine ise yaklaşık 70 km uzaklıkta yer almaktadır.
Gerçin Höyük Levant koridorunun kuzey kesiminde Karasu deresinin oluşturmuş olduğu, Nurdağı ve İslahiye Ovalık alanı içinde yer almaktadır.
Gavur Dağları (Amanoslar) ile Kurt dağları arasındaki vaditabanı zengin tarımsal üretim alanına sahiptir. Levant koridorundaki konumu ile güneybatısında Amik ovası ve devamındaki ovalık sistemler ile kuzeyinde Kahramanmaraş/Türkoğlu Ovasıyla Anadolu ile, Amanos dağlarındaki doğal güzergahı ile Çukurova ve Akdeniz’e ulaşan önemli yol ağlarının merkezinde olan bir bölgedir.